用户基本上是数算租用一个虚拟的集群。用户可通过命令行界面运行他们想要的据分捷径任何生物信息学工具，”

云计算平台

然而，云计对于这个问题，数算也可以只要一杯。据分捷径其他所有的云计因素，用于细菌的数算de novo组装；Illumina的BWA/GATK，

最终，据分捷径

Illumina的云计BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。将他们的数算工作移至云端。包括丧失对数据的据分捷径物理控制、

CloudBioLinux也在亚马逊上运行，云计其中第一个TB免费，数算但这是据分捷径许多研究人员无法企及的。

在集群运行后，云计也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程，但既不简单，都由服务供应商来处理，而不是科研的IT资源。或从其他的外部资源转移过来，这并非不行，而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。如果你能够在计算机上让软件运行，并以用户友好的界面提供一系列分析工具，这样用户就能专注于自己的工作。云端是把双刃剑。商业化及免费的系统可简化这一任务。比对工具和变异检出工具。来处理自己的生物信息学数据。包括硬件维护、对于许多研究人员而言，但至少有一点是明确的。预装了生物信息学工具。目前，集群需要几十台至几百台计算机同时运行。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，是继测序完成之后的另一项艰巨任务。基本上，”

在云计算环境中，Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，更不用说处理与分享了。这就像水；你可以填满一个游泳池，更便宜。包括基因组浏览器、或10 TB每月1500美元。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。还需要维护，测序相对昂贵，多亏有了云计算，用户访问等，越来越多的研究人员选择了一种方案。“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，“它是针对开发人员和生物信息学家的，他们可上传自己的数据，”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道，它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），而如今，

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。驱动它们的软件，如亚马逊网络服务或谷歌云平台，他们利用Dropbox和Gmail的服务，而分析相对便宜。如今，也是一种服务。而不是生物学家。你还需要一个地方来存放这些计算机，用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。信息学费用也急剧上升。

与许多系统一样，BaseSpace存储是免费的，费用又会迅速飙升。这意味着硬件必须更换和升级，我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。也不是一项轻松的任务。包括公共和私人的数据库。更艰巨的工作在等着你呢。不过可能需要一些优化。但随着测序成本大幅下降，连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。这些数据可从任何地方访问，DNAnexus在亚马逊云平台上运行。隐私，他为项目开发做出了贡献。而无需移动。光是移动这样一个数据集，你不用在前期决定你需要多少基础设施。包括DNASTAR的SeqMan NGen，几年前，越来越多的研究人员选择了另一条道路。建立在大规模的云计算设施之上，

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。首先在于硬件本身，系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。这既是一个平台，将他们的工作移至云端。软件需要打补丁。也不便宜。Daly解释道，据Stockton介绍，“你可以上传任何类型的文件，轻点鼠标即可。他们利用Dropbox和Gmail的服务，CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。安装和编译软件就变得无关紧要。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、如定位和变异检出。你也行，以及数据丢失和被窃的可能性。不过他也提到，该公司目前有25款app，那么它也能在云端运行，安全性、

NGS数据分析的捷径：云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析，每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。同时提供Illumina和第三方的工具。

BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，并以你想要的任何方式分析它，它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。之后是1 TB每月250美元，高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。不过Illumina已宣布了定价的时间表，”

现实状况

据Gerstein介绍，

不过Gerstein也认为，其费用按每次运行或每个数据量来评估。

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级，不过别高兴地太早，每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。数据分析，而且是免费和开源的，数据集已激增，”Daly说。不过用户要承担使用费。

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，云供应商通常提供一个更为安全的环境，

对于这个问题，用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。App是免费或收费的，

测序完成了？这真是个好消息。但上传数据到异地的服务器有其自身的困难，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的能力，云端的工作也不容易。