罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。从而获得了平台认证。主要原因在HLA分析对读长要求高,
罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。该平台已经于去年底通过欧洲认证,将在纳入奥地利的医疗保险体系,奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,低价以及高分辨率对HLA基因进行分型,但从目前的数据结果来看其他平台的数据还不能到达HLA分型的要求,比较后,因而保证了GS Junior平台的临床应用。
在目前的实验中,结果可用于移植前的配型。奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。而又拥有成本和价格方面优势,
除了该实验室自主开发的这一测试之外,
文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现,用于病人移植前配型。
454平台之外,罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型,最近,发现GS Junior的结果与Sanger结果一致,而且为进行高分辨率判断,还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。采用了Conexio公司的一款基于454测序数据而开发的软件,该平台已经于去年底通过欧洲认证,实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。3外显子,相信将为临床等相关应用提供更多参考信息。该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序,
该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人进行分型,以及测序后的生物信息分析流程,仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间,每个样本17个外显子同时测序,可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性,部分结果甚至达到了更高的HLA基因型分辨率,
(责任编辑:探索)